From c941044ab68e673b9040804dfd3a9bdd484293d7 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: xxupiano Date: Thu, 28 Oct 2021 13:10:37 +0000 Subject: [PATCH] Update README --- README.md | 120 ++++++++++++------------- README_ENGLISH.md | 220 +++++++++++++++++++++++++++++++++------------- 2 files changed, 222 insertions(+), 118 deletions(-) diff --git a/README.md b/README.md index 07bf7bc..35e5669 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -19,9 +19,7 @@

基于深度学习的开源中文知识图谱抽取框架

- - -DeepKE 是一个支持**低资源、长篇章**的知识抽取工具，可以基于pytorch实现命名实体识别、关系抽取和属性抽取功能。 +DeepKE 是一个支持**低资源、长篇章**的知识抽取工具，可以基于**PyTorch**实现**命名实体识别**、**关系抽取**和**属性抽取**功能。
@@ -43,7 +41,7 @@ Deepke的架构图如下所示 -DeepKE包括了三个模块，可以进行关系抽取、实体命名识别以及属性抽取的任务，在各个模块下包括各自的子模块。其中关系抽取模块就有常规模块、文档级抽取模块以及低资源少样本模块。在每一个子模块中，分为分词、预处理等的一个工具集合，以及编码和训练预测部分。 +DeepKE包括了三个模块，可以进行命名实体识别、关系抽取以及属性抽取任务，在各个模块下包括各自的子模块。其中关系抽取模块就有常规模块、文档级抽取模块以及低资源少样本模块。在每一个子模块中，包含实现分词、预处理等功能的一个工具集合，以及编码、训练和预测部分。
@@ -51,19 +49,14 @@ DeepKE包括了三个模块，可以进行关系抽取、实体命名识别以 DeepKE支持pip安装使用，以常规全监督设定关系抽取为例 -1、下载代码 ```git clone https://github.com/zjunlp/DeepKE.git```（别忘记star和fork哈！！！） +1. 下载代码 ```git clone https://github.com/zjunlp/DeepKE.git```（别忘记star和fork哈！！！） -2、创建虚拟环境 ```conda create -n deepke python=3.8``` - -3、进入虚拟环境 ```conda activate deepke``` - -4、pip安装需要的依赖包，如果直接使用，```pip install deepke```；如需修改源码使用，首先```python setup.py install```,修改完后，```python setup.py develop``` - -5、进入使用位置 ```cd DeepKE/example/re/standard``` - -6、进行训练 ```python run.py```,训练用到的参数可在conf文件夹内修改 - -7、进行预测```python predict.py```,预测用到的参数可在conf文件夹内修改 +2. 推荐使用anaconda创建虚拟环境 ```conda create -n deepke python=3.8``` +3. 进入虚拟环境 ```conda activate deepke``` +4. pip安装需要的依赖包，如果直接使用，```pip install deepke```；如需修改源码使用，首先```python setup.py install```,修改完后，```python setup.py develop``` +5. 进入使用位置 ```cd DeepKE/example/re/standard``` +6. 进行训练 ```python run.py```,训练用到的参数可在conf文件夹内修改 +7. 进行预测```python predict.py```,预测用到的参数可在conf文件夹内修改 ### 环境依赖 @@ -82,60 +75,69 @@ DeepKE支持pip安装使用，以常规全监督设定关系抽取为例 - opt-einsum==3.3.0 - ujson -1. **命名实体识别NER** +### 具体功能介绍 - 数据为txt文件，样式范例为： - | Sentence | Person | Location | Organization | - | :----------------------------------------------------------: | :------------------------: | :------------: | :----------------------------: | - | 本报北京9月4日讯记者杨涌报道：部分省区人民日报宣传发行工作座谈会9月3日在4日在京举行。 | 杨涌 | 北京 | 人民日报 | - | 《红楼梦》是中央电视台和中国电视剧制作中心根据中国古典文学名著《红楼梦》摄制于1987年的一部古装连续剧，由王扶林导演，周汝昌、王蒙、周岭等多位红学家参与制作。 | 王扶林，周汝昌，王蒙，周岭 | 中国 | 中央电视台，中国电视剧制作中心 | - | 秦始皇兵马俑位于陕西省西安市，1961年被国务院公布为第一批全国重点文物保护单位，是世界八大奇迹之一。 | 秦始皇 | 陕西省，西安市 | 国务院 | +#### 1. 命名实体识别NER - 具体流程请进入详细的README中： +- 命名实体识别是从非结构化的文本中识别出实体和其类型。数据为txt文件，样式范例为： - **[常规全监督STANDARD](https://github.com/zjunlp/deepke/blob/test_new_deepke/example/ner/standard)** ： - 常规模块为预训练模型，可进入其目录，修改数据集以及conf文件夹下的参数，```python run.py```即可训练，```python predict.py```即可预测。 + | Sentence | Person | Location | Organization | + | :----------------------------------------------------------: | :------------------------: | :------------: | :----------------------------: | + | 本报北京9月4日讯记者杨涌报道：部分省区人民日报宣传发行工作座谈会9月3日在4日在京举行。 | 杨涌 | 北京 | 人民日报 | + | 《红楼梦》是中央电视台和中国电视剧制作中心根据中国古典文学名著《红楼梦》摄制于1987年的一部古装连续剧，由王扶林导演，周汝昌、王蒙、周岭等多位红学家参与制作。 | 王扶林，周汝昌，王蒙，周岭 | 中国 | 中央电视台，中国电视剧制作中心 | + | 秦始皇兵马俑位于陕西省西安市，1961年被国务院公布为第一批全国重点文物保护单位，是世界八大奇迹之一。 | 秦始皇 | 陕西省，西安市 | 国务院 | - **[少样本FEW-SHOT](https://github.com/zjunlp/DeepKE/tree/test_new_deepke/example/ner/few-shot)** ： - 少样本模块，可进入其目录，模型加载和保存位置以及配置可以在conf文件夹中修改```python run.py```训练conll2003,```python run.py +train=few_shot```直接进行few-shot训练,若要加载模型，修改few_shot.yaml中的load_path。 若要进行预测，在config.yaml中加入 - predict ，再在predict.yaml中修改load_path为模型路径以及write_path为预测结果保存路径，再``` python predict.py ```即可。 +- 具体流程请进入详细的README中 + - **[常规全监督STANDARD](https://github.com/zjunlp/deepke/blob/test_new_deepke/example/ner/standard)** + 常规模块使用预训练模型BERT； + 进入`DeepKE/example/ner/standard`，数据集和参数配置可以分别进入`data`和`conf`文件夹中修改； + ```python run.py```即可训练，```python predict.py```即可预测。 + - **[少样本FEW-SHOT](https://github.com/zjunlp/DeepKE/tree/test_new_deepke/example/ner/few-shot)** + 低资源少样本模块； + 进入`DeepKE/example/ner/few-shot`，模型加载和保存位置以及配置可以在`conf`文件夹中修改； + 使用`CoNLL-2003`进行训练：`python run.py`； + 进行few-shot训练：`python run.py +train=few_shot`，若要加载模型，修改`few_shot.yaml`中的`load_path`； + 若要进行预测，在`config.yaml`中追加`- predict`，`predict.yaml`中修改`load_path`为模型路径以及`write_path`为预测结果的保存路径，完成修改后使用`python predict.py`即可预测。 -2. **关系抽取RE** +#### 2. 关系抽取RE - 关系抽取是从非结构化的文本中抽取出实体之间的关系，以下为几个样式范例，数据为csv文件： +- 关系抽取是从非结构化的文本中抽取出实体之间的关系，以下为几个样式范例，数据为csv文件： - | Sentence | Relation | Head | Head_offset | Tail | Tail_offset | - | :----------------------------------------------------: | :------: | :--------: | :---------: | :--------: | :---------: | - | 《岳父也是爹》是王军执导的电视剧，由马恩然、范明主演。 | 导演 | 岳父也是爹 | 1 | 王军 | 8 | - | 《九玄珠》是在纵横中文网连载的一部小说，作者是龙马。 | 连载网站 | 九玄珠 | 1 | 纵横中文网 | 7 | - | 提起杭州的美景，西湖总是第一个映入脑海的词语。 | 所在城市 | 西湖 | 8 | 杭州 | 2 | + | Sentence | Relation | Head | Head_offset | Tail | Tail_offset | + | :----------------------------------------------------: | :------: | :--------: | :---------: | :--------: | :---------: | + | 《岳父也是爹》是王军执导的电视剧，由马恩然、范明主演。 | 导演 | 岳父也是爹 | 1 | 王军 | 8 | + | 《九玄珠》是在纵横中文网连载的一部小说，作者是龙马。 | 连载网站 | 九玄珠 | 1 | 纵横中文网 | 7 | + | 提起杭州的美景，西湖总是第一个映入脑海的词语。 | 所在城市 | 西湖 | 8 | 杭州 | 2 | - 具体流程请进入详细的README中，RE包括了以下三个子功能 +- 具体流程请进入详细的README中，RE包括了以下三个子功能 + - **[常规全监督STANDARD](https://github.com/zjunlp/deepke/blob/test_new_deepke/example/re/standard)** + 常规模块为常用的深度学习模型，包括CNN、RNN、Capsule、GCN、Transforemer以及预训练模型； + 进入`DeepKE/example/re/standard`，数据集和参数配置可以分别进入`data`和`conf`文件夹中修改； + ```python run.py```即可训练，```python predict.py```即可预测。 + - **[少样本FEW-SHOT](https://github.com/zjunlp/deepke/blob/test_new_deepke/example/re/few-shot)** + 进入`DeepKE/example/re/few-shot`，数据集和参数配置可以分别进入`data`和`conf`文件夹中修改； + ```python run.py```即可训练；如需从上次训练的模型开始训练：设置`conf/train.yaml`中的`train_from_saved_model`为上次保存模型的路径，每次训练的日志默认保存在根目录，可用`log_dir`来配置； + ```python predict.py```即可预测。 + - **[文档级DOCUMENT](https://github.com/zjunlp/deepke/blob/test_new_deepke/example/re/document)** + ```train_distant.json```由于文件太大，请自行从Google Drive上下载到data/目录下； + 进入`DeepKE/example/re/document`，数据集和参数配置可以分别进入`data`和`conf`文件夹中修改； + ```python run.py```即可训练；如需从上次训练的模型开始训练：设置`conf/train.yaml`中的`train_from_saved_model`为上次保存模型的路径，每次训练的日志默认保存在根目录，可用`log_dir`来配置； - **[常规全监督STANDARD](https://github.com/zjunlp/deepke/blob/test_new_deepke/example/re/standard)** ： - 常规模块为常用的深度学习模型，有CNN、RNN、Capsule、GCN、Transforemer以及预训练模型，可进入其目录，修改数据集以及conf文件夹下的目录，```python run.py```即可训练。修改conf文件夹下predict.yaml中fp，```python predict.py``` 即可进行预测。 +#### 3. 属性抽取AE - **[少样本FEW-SHOT](https://github.com/zjunlp/deepke/blob/test_new_deepke/example/re/few-shot)** : - 进入其目录，修改数据集以及conf文件夹下的目录，```python run.py```即可训练，如需从上次训练的模型开始训练：设置.yaml中的train_from_saved_model为上次保存模型的路径，每次训练的日志保存路径默认保存在根目录，可以通过.yaml中的log_dir来配置```python predict.py```即可预测。 +- 数据为csv文件，样式范例为： - **[文档级DOCUMENT](https://github.com/zjunlp/deepke/blob/test_new_deepke/example/re/document)** : - ```train_distant.json```由于文件太大，请自行从Google Drive上下载到data/目录下.进入其目录，修改数据集以及conf文件夹下的目录，```python run.py```即可训练，如需从上次训练的模型开始训练：设置.yaml中的train_from_saved_model为上次保存模型的路径，每次训练的日志保存路径默认保存在根目录，可以通过.yaml中的log_dir来配置```python predict.py```即可预测。 + | Sentence | Att | Ent | Ent_offset | Val | Val_offset | + | :----------------------------------------------------------: | :------: | :------: | :--------: | :-----------: | :--------: | + | 张冬梅，女，汉族，1968年2月生，河南淇县人 | 民族 | 张冬梅 | 0 | 汉族 | 6 | + | 杨缨，字绵公，号钓溪，松溪县人，祖籍将乐，是北宋理学家杨时的七世孙 | 朝代 | 杨缨 | 0 | 北宋 | 22 | + | 2014年10月1日许鞍华执导的电影《黄金时代》上映 | 上映时间 | 黄金时代 | 19 | 2014年10月1日 | 0 | -3. **属性抽取AE** - - 数据为csv文件，样式范例为： - - | Sentence | Att | Ent | Ent_offset | Val | Val_offset | - | :----------------------------------------------------------: | :------: | :------: | :--------: | :-----------: | :--------: | - | 张冬梅，女，汉族，1968年2月生，河南淇县人 | 民族 | 张冬梅 | 0 | 汉族 | 6 | - | 杨缨，字绵公，号钓溪，松溪县人，祖籍将乐，是北宋理学家杨时的七世孙 | 朝代 | 杨缨 | 0 | 北宋 | 22 | - | 2014年10月1日许鞍华执导的电影《黄金时代》上映 | 上映时间 | 黄金时代 | 19 | 2014年10月1日 | 0 | - - 具体流程请进入详细的README中: - - **[常规全监督STANDARD](https://github.com/zjunlp/deepke/blob/test_new_deepke/example/ae/standard)** ： - 常规模块为常用的深度学习模型，有CNN、RNN、Capsule、GCN、Transforemer以及预训练模型，可进入其目录，修改数据集以及conf文件夹下的目录，```python run.py```即可训练，```python predict.py```即可预测。 - -
+- 具体流程请进入详细的README中 + - **[常规全监督STANDARD](https://github.com/zjunlp/deepke/blob/test_new_deepke/example/ae/standard)** + 常规模块为常用的深度学习模型，包括CNN、RNN、Capsule、GCN、Transforemer以及预训练模型； + 进入`DeepKE/example/re/standard`，数据集和参数配置可以分别进入`data`和`conf`文件夹中修改； + ```python run.py```即可训练，```python predict.py```即可预测。 ## 备注（常见问题） 1. 使用 Anaconda 时，建议添加国内镜像，下载速度更快。如[清华镜像](https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/)。 @@ -144,7 +146,7 @@ DeepKE支持pip安装使用，以常规全监督设定关系抽取为例 1. 安装后提示 `ModuleNotFoundError: No module named 'past'`，输入命令 `pip install future` 即可解决。 -1. 使用语言预训练模型时，在线安装下载模型比较慢，更建议提前下载好，存放到 pretrained 文件夹内。具体存放文件要求见文件夹内的 readme.md。 +1. 使用语言预训练模型时，在线安装下载模型比较慢，更建议提前下载好，存放到 pretrained 文件夹内。具体存放文件要求见文件夹内的 `README.md`。
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- - DeepKE -
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- - Build +

+ + Documentation - - GitHub + + PyPI - - Documentation + + GitHub - - GitHub release - - - Contributor Covenant - - DOI

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- 简体中文 | - English -

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+ 简体中文 | English +

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Open source Chinese knowledge atlas extraction framework based on deep learning

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A Deep Learning Based
Knowledge Extraction Toolkit
for Knowledge Base Population

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-DeepKE offers some models for knowledge extrations +DeepKE is a knowledge extraction toolkit supporting **low-resource** and **document-level** scenarios. It provides three functions based **PyTorch**, including **Named Entity Recognition**, **Relation Extraciton** and **Attribute Extraction**. + +
## Online Demo -demo 's urls -1.NER +[demo](https://deepke.openkg.cn) -``` -REGULAR -``` +### Prediction -2.RE +There is a demonstration of prediction. + - 1.REGULAR - - 2.FEW-SHOT - - 3.DOCUMENT +
-3.AE +## Model Framework +

+ +

+

+ Figure 1: The framework of DeepKE +

-## Quick Tour +- DeepKE contains three modules for **named entity recognition**, **relation extraction** and **attribute extraction**, the three tasks respectively. +- Each module has its own submodules. For example, there are **standard**, **document-level** and **few-shot** submodules in the attribute extraction modular. +- Each submodule compose of three parts: a **collection of tools**, which can function as tokenizer, dataloader, preprocessor and the like, a **encoder** and a part for **training and prediction** -## Installtion -pip installtion -``` -pip install deepke -``` +
-## Model architectures -Deepke contains these models: +## Quickstart -1.NER +Take the fully supervised attribute extraction for example. -**[REGULAR](https://github.com/zjunlp/deepke/blob/test_new_deepke/example/ner/regular/README.md)** +1. Download basic codes `git clone https://github.com/zjunlp/DeepKE.git ` +2. Create a virtual environment (recommend `anaconda`) `conda create -n deepke python=3.8` +3. Enter the environment `conda activate deepke` +4. Install dependent packages + - If use deepke directly: `pip install deepke` + - If modify source codes before usage: + run `python setup.py install` firstly, + after modification, run `python setup.py develop` -2.RE +5. Enter the corresponding directory `cd DeepKE/example/re/standard` +6. Train `python run.py` (Parameters for training can be changed in the `conf` folder) +7. Predict `python predict.py`(Parameters for prediction can be changed in the `conf` folder) -**[REGULAR](https://github.com/zjunlp/deepke/blob/test_new_deepke/example/re/regular/README.md)** +### Requirements +> python == 3.8 -FEW-SHOT +- torch == 1.5 +- hydra-core == 1.0.6 +- tensorboard == 2.4.1 +- matplotlib == 3.4.1 +- transformers == 3.4.0 +- jieba == 0.42.1 +- scikit-learn == 0.24.1 +- pytorch-transformers == 1.2.0 +- seqeval == 1.2.2 +- tqdm == 4.60.0 +- opt-einsum==3.3.0 +- ujson -DOCUMENT +### Introduction of Three Functions -3.AE +#### 1. Named Entity Recognition -## Citation +- Named entity recognition seeks to locate and classify named entities mentioned in unstructured text into pre-defined categories such as person names, organizations, locations, organizations, etc. + +- The data is stored in `.txt` files. Some instances as following: + + | Sentence | Person | Location | Organization | + | :----------------------------------------------------------: | :------------------------: | :------------: | :----------------------------: | + | 本报北京9月4日讯记者杨涌报道：部分省区人民日报宣传发行工作座谈会9月3日在4日在京举行。 | 杨涌 | 北京 | 人民日报 | + | 《红楼梦》是中央电视台和中国电视剧制作中心根据中国古典文学名著《红楼梦》摄制于1987年的一部古装连续剧，由王扶林导演，周汝昌、王蒙、周岭等多位红学家参与制作。 | 王扶林，周汝昌，王蒙，周岭 | 中国 | 中央电视台，中国电视剧制作中心 | + | 秦始皇兵马俑位于陕西省西安市，1961年被国务院公布为第一批全国重点文物保护单位，是世界八大奇迹之一。 | 秦始皇 | 陕西省，西安市 | 国务院 | + +- Read the detailed process in specific README + - **[STANDARD (Fully Supervised)](https://github.com/zjunlp/deepke/blob/test_new_deepke/example/ner/standard)** + - The standard module is implemented by the pretrained model *BERT*. + - Enter `DeepKE/example/ner/standard`. + - The dataset and parameters can be customized in the `data` folder and `conf` folder respectively. + - **Train**: `python run.py` + - **Predict**: `python predict.py` + - **[FEW-SHOT](https://github.com/zjunlp/DeepKE/tree/test_new_deepke/example/ner/few-shot)** + - This module is in the low-resouce scenario. + - Enter `DeepKE/example/ner/few-shot`. + - The directory where the model is loaded and saved and the configuration parameters can be cusomized in the `conf` folder. + - **Train with *CoNLL-2003***: `python run.py` + - **Train in the few-shot scenario**: `python run.py +train=few_shot`. Users can modify `load_path` in `conf/train/few_shot.yaml` with the use of existing loaded model. + - **Predict**: add `- predict` to `conf/config.yaml`, modify `loda_path` as the model path and `write_path` as the path where the predicted results are saved in `conf/predict.yaml`, and then run `python predict.py` + +#### 2. Relation Extraction + +- Relationship extraction is the task of extracting semantic relations between entities from a unstructured text. + +- The data is stored in `.csv` files. Some instances as following: + + | Sentence | Relation | Head | Head_offset | Tail | Tail_offset | + | :----------------------------------------------------: | :------: | :--------: | :---------: | :--------: | :---------: | + | 《岳父也是爹》是王军执导的电视剧，由马恩然、范明主演。 | 导演 | 岳父也是爹 | 1 | 王军 | 8 | + | 《九玄珠》是在纵横中文网连载的一部小说，作者是龙马。 | 连载网站 | 九玄珠 | 1 | 纵横中文网 | 7 | + | 提起杭州的美景，西湖总是第一个映入脑海的词语。 | 所在城市 | 西湖 | 8 | 杭州 | 2 | + +- Read the detailed process in specific README + + - **[STANDARD](https://github.com/zjunlp/deepke/blob/test_new_deepke/example/re/standard)** + - The standard module is implemented by common deep learning models, including CNN, RNN, Capsule, GCN, Transformer and the pretrained model. + - Enter the `DeepKE/example/re/standard` folder. + - The dataset and parameters can be customized in the `data` folder and `conf` folder respectively. + - **Train**: `python run.py` + - **Predict**: `python predict.py` + + - **[FEW-SHOT](https://github.com/zjunlp/deepke/blob/test_new_deepke/example/re/few-shot)** + - This module is in the low-resouce scenario. + - Enter `DeepKE/example/re/few-shot` . + - **Train**: `python run.py` + Start with the model trained last time: modify `train_from_saved_model` in `conf/train.yaml`as the path where the model trained last time was saved. + And the path saving logs generated in training can be customized by `log_dir`. + - **Predict**: `python predict.py` + + - **[DOCUMENT](https://github.com/zjunlp/deepke/blob/test_new_deepke/example/re/document)** + - Download the model `train_distant.json` from [*Google Drive*](https://drive.google.com/drive/folders/1c5-0YwnoJx8NS6CV2f-NoTHR__BdkNqw) to `data/`. + - Enter `DeepKE/example/re/document` . + - **Train**: `python run.py` + Start with the model trained last time: modify `train_from_saved_model` in `conf/train.yaml`as the path where the model trained last time was saved. + And the path saving logs generated in training can be customized by `log_dir`. + - **Predict**: `python predict.py` + +#### 3. Attribute Extraction + +- Attribute extraction is to extract attributes for entities in a unstructed text. + +- The data is stored in `.csv` files. Some instances as following: + + | Sentence | Att | Ent | Ent_offset | Val | Val_offset | + | :----------------------------------------------------------: | :------: | :------: | :--------: | :-----------: | :--------: | + | 张冬梅，女，汉族，1968年2月生，河南淇县人 | 民族 | 张冬梅 | 0 | 汉族 | 6 | + | 杨缨，字绵公，号钓溪，松溪县人，祖籍将乐，是北宋理学家杨时的七世孙 | 朝代 | 杨缨 | 0 | 北宋 | 22 | + | 2014年10月1日许鞍华执导的电影《黄金时代》上映 | 上映时间 | 黄金时代 | 19 | 2014年10月1日 | 0 | + +- Read the detailed process in specific README + - **[STANDARD](https://github.com/zjunlp/deepke/blob/test_new_deepke/example/ae/standard)** + - The standard module is implemented by common deep learning models, including CNN, RNN, Capsule, GCN, Transformer and the pretrained model. + - Enter the `DeepKE/example/ae/standard` folder. + - The dataset and parameters can be customized in the `data` folder and `conf` folder respectively. + - **Train**: `python run.py` + - **Predict**: `python predict.py` + +
+ +## Tips + +1. Using nearest mirror, like [THU](https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/) in China, will speed up the installation of *Anaconda*. +2. Using nearest mirror, like [aliyun](http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/) in China, will speed up `pip install XXX`. +3. When encountering `ModuleNotFoundError: No module named 'past'`，run `pip install future` . +4. It's slow to install the pretrained language models online. Recommend download pretrained models before use and save them in the `pretrained` folder. Read `README.md` in every task directory to check the specific requirement for saving pretrained models. + +
+ +## Developers + +Zhejiang University: Ningyu Zhang, Liankuan Tao, Haiyang Yu, Xiang Chen, Xin Xu, Xi Tian, Lei Li, Zhoubo Li, Shumin Deng, Yunzhi Yao, Hongbin Ye, Xin Xie, Guozhou Zheng, Huajun Chen + +Alibaba DAMO: Chuanqi Tan, Fei Huang